本學院除培育一般綜合大學之工學人才之外,有關海洋工程之研究是本學院很重要之特色。與海洋有關之研究內容主要包含船舶設計與建造、海洋相關系統工程之整合、港灣工程與管理、海岸空間之開發與保護、船舶導航與通訊、海洋探測用具及儀器之設計、水下流體動力及噪音之研究、以及海洋防蝕材料之開發。 本學院除進行海洋科技相關領域之研究外,並積極參與國內工業、民生與國防所須之相關研究工作。諸如擴展通訊、噪音防制、水資源利用、防災以及水下噪音偵測等相關之研究,以期使本學院之發展能結合社會與國家需求,碩士班招收部份在職進修研究生,以提供工程機構優秀在職人員之在職訓練進修機會。目前與本院研究密切相關的研究中心包括:

海洋能源與政策研究中心(校級研究中心)

地理資訊系統研究中心(校級研究中心)

計算與模擬研究中心(院級研究中心)

先進製造工程研究中心(系級研究中心)

水產機電系統應用研究中心(系級研究中心)

水下噪音暨流體動力研究中心(系級研究中心)

振動與噪音工程研究中心(系級研究中心)

船舶產業暨資訊管理研究中心(系級研究中心)

近海防災研究中心(系級研究中心)

材料研究暨檢測中心(系級研究中心)